Publiés en septembre 2026, deux décrets font évoluer les règles d’indemnisation des arrêts de travail. Le premier modifie le calcul des indemnités journalières en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle. Le second réduit la durée maximale d’indemnisation de certains arrêts maladie de longue durée et renforce les sanctions en cas d’abus.
Ces changements appellent à une vigilance particulière de la part des employeurs, notamment en matière de paie, de maintien de salaire et de prévoyance.
I. L’ÉVOLUTION DES ARRÊTS MALADIE LONGUE DURÉE
Le décret du 16 septembre 2026 modifie la durée maximale d’indemnisation de certains arrêts maladie de longue durée et fait évoluer le dispositif de sanctions applicables aux assurés sociaux.
- Une durée maximale réduite de trois ans à un an
Jusqu’à présent, certains assurés pouvaient bénéficier d’une durée maximale d’indemnisation de trois ans dans le cadre du dispositif dérogatoire prévu pour certaines affections de longue durée (ALD).
Depuis le 15 octobre 2026, cette durée maximale est ramenée à un an pour les assurés concernés atteints d’une affection de longue durée (ALD) non exonérante, c’est-à-dire une affection qui justifie notamment un arrêt prolongé, mais qui n’ouvre pas droit à une prise en charge à 100 % des soins.
Cette modification concerne notamment les assurés du régime général, les salariés du régime agricole, les clercs et les employés notaires.
La durée maximale de trois ans est maintenue pour les assurés atteints de certaines ALD exonérantes relevant des catégories 3° et 4° de l’article L. 160-14, notamment détaillé dans l’article D. 160-4.
Les nouvelles règles s’appliquent :
- Aux arrêts de travail prescrits à compter du 15 octobre 2026 ;
- À certains arrêts déjà en cours à cette date, lorsque l’incapacité de travail atteint six mois à compter de cette date.
Des dispositifs transitoires sont prévus pour certaines personnes, dont le droit à une indemnisation dérogatoire avait déjà été reconnu au 15 octobre 2026. Les assurés concernés peuvent rester soumis à l’ancienne durée maximale de trois ans jusqu’au terme de la période d’indemnisation.
- Des sanctions renforcées en cas d’abus liés aux arrêts de travail
Cette nouvelle réglementation prévoit également une évolution du dispositif de sanctions applicable aux assurés sociaux à compter du 19 septembre 2026.
La prescription d’un arrêt de travail non justifié est désormais expressément mentionnée parmi les comportements susceptibles d’entraîner une pénalité financière.
Cette mesure vise les situations abusives. Elle ne signifie pas qu’un arrêt prolongé, répété ou contesté est automatiquement considéré comme injustifié : chaque situation doit être appréciée selon les règles applicables.
Pour les employeurs, cette évolution rappelle l’importance de traiter les absences dans un cadre réglementaire précis, sans se substituer au médecin ou à l’organisme d’Assurance maladie dans l’appréciation de la justification médicale d’un arrêt.
II. UN NOUVEAU PLAFOND D’INDEMNISATION POUR LES ACCIDENTS DU TRAVAIL ET MALADIES PROFESSIONNELLES.
Le 1er octobre 2026 a été publié au Journal Officiel un nouveau décret modifiant les modalités de calcul des indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) versées aux salariés en arrêt de travail à la suite d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle.
- Un plafond de rémunération revu à la baisse
À compter du 1er novembre 2026, le plafond de rémunération retenu pour calculer ces indemnités diminue sensiblement. Le taux utilisé pour déterminer cette limite passe de 0,834 % à 0,226 % du plafond annuel de la Sécurité sociale (PASS).
Cette évolution vise à réduire la part des indemnités financée par l’Assurance maladie pour les rémunérations les plus élevées. Elle peut donc entraîner une baisse des indemnités journalières versées à certains salariés.
La réforme ne concerne toutefois pas tous les salariés de la même manière : son incidence dépend notamment du salaire de référence et des plafonds applicables.
- Les conséquences pour les entreprises
La baisse des indemnités journalières versées par l’Assurance maladie peut entraîner des répercussions sur le complément de rémunération dû par l’employeur, lorsque les conditions légales de maintien de salaire sont réunies.
Les entreprises doivent notamment porter leur attention sur :
- La gestion de la paie, afin de prendre en compte les nouvelles modalités de calcul des indemnités journalières ;
- Le maintien de salaire, dont le coût peut évoluer selon la situation du salarié et les règles applicables ;
- Les garanties conventionnelles et de prévoyance, qui peuvent prévoir des dispositions plus favorables que les règles légales.
III. LES POINTS DE VIGILANCE POUR LES ENTREPRISES
Ces deux décrets ne modifient pas les mêmes dispositifs, mais ils invitent les employeurs à renforcer leur vigilance dans le suivi des arrêts de travail.
Les entreprises ont intérêt à :
- Assurer la prise en compte des nouvelles règles de calcul des indemnités journalières pour les accidents du travail et maladies professionnelles concernés ;
- Identifier les situations d’arrêt de longue durée susceptibles d’être affectées par la réduction de la période d’indemnisation ;
- Anticiper les questions des salariés relatives à leurs droits et aux dates d’application ;
- Vérifier les règles de maintien de salaire prévues par la loi, la convention collective, les accords d’entreprise, les usages et les contrats de prévoyance.
Ces évolutions peuvent avoir des conséquences sur le traitement des absences, le calcul de la paie et le coût du maintien de salaire. Une vérification des règles applicables et des garanties existantes permettra aux entreprises d’anticiper leurs effets.
Pour anticiper les évolutions réglementaires et en maîtriser les conséquences, il est essentiel de pouvoir compter sur une équipe compétente et réactive en gestion de la paie et des ressources humaines.
SOGECA Ressources humaines accompagne les entreprises dans la gestion de la paie et des RH, en leur apportant expertise et conseil pour s’adapter sereinement aux évolutions réglementaires.